Werkzeuge und Arbeitshilfen Open Source Software an der Universität Bern

Open Source

Kurz-URL dieser Seite: www.opensource.unibe.ch

Open Source Software (OSS) sind Programme, die unter einer Open Source Lizenz veröffentlicht sind. Diese Lizenz erlaubt es, dass OSS einerseits beliebig kopiert werden kann und andererseits der Quellcode offen zur Verfügung steht und auch verändert werden darf. Somit ist OSS stehts lizenzkostenfrei und transparent einsehbar. Für das Studium eignet sich OSS besonders gut, weil es viele kostenlose Programme gibt, die für Studierende nützlich sind. Auf dieser Website stehen zahlreiche Empfehlungen, Hintergrundinformationen und Hilfsmittel zur Verfügung, die den Einsatz von OSS im Studium an der Universität Bern erleichtern sollen. Es ist allerdings darauf hingewiesen, dass aufgrund der Vielzahl von OSS Produkten kein Endbenutzer-Support für Studierende geleistet werden kann.

Kontakt

Die Forschungsstelle Digitale Nachhaltigkeit, die Supportstelle für ICT-gestützte Lehre und Forschung sowie die Universitätsbibliotheken unterstützen Sie bei der Suche einer geeigneten Open Source Software für Ihre Bedürfnisse. Kontaktieren Sie die in den Detailseiten gelisteten Teams oder Ansprechspersonen.

Informationen zu OSS an anderen Hochschulen

Auch an anderen Schweizer Hochschulen stehen den Studierenden und Mitarbeitenden Informationen über OSS zur Verfügung:

Weitere Informationsquellen zu Open Source

  • OSS Directory: Verzeichnis von Open Source Software Firmen, Lösungen und Referenzen
  • Open Source Studie Schweiz: Aktuelle Zahlen zu Open Source Nutzung in der Schweiz sowie Fachbeiträge und Firmenprofile
  • /ch/open: Schweizer Verein zur Förderung von Open Source Software (Mitgliedschaft für Studierende: CHF 20 pro Jahr)
  • ifrOSS: Institut für Rechtsfragen der Freien und Open Source Software

Weitere Listen von Open Source Anwendungen

Definition von Open Source

Der Begriff Open Source Software wurde 1998 von der Open Source Initiative anhand von 10 Eigenschaften definiert, die alle so genannten Open Source Lizenzen einhalten müssen:

  1. Free Redistribution: The license shall not restrict any party from selling or giving away the software as a component of an aggregate software distribution containing programs from several different sources. The license shall not require a royalty or other fee for such sale.
  2. Source Code: The program must include source code, and must allow distribution in source code as well as compiled form. Where some form of a product is not distributed with source code, there must be a well-publicized means of obtaining the source code for no more than a reasonable reproduction cost preferably, downloading via the Internet without charge. The source code must be the preferred form in which a programmer would modify the program. Deliberately obfuscated source code is not allowed. Intermediate forms such as the output of a preprocessor or translator are not allowed.
  3. Derived Works: The license must allow modifications and derived works, and must allow them to be distributed under the same terms as the license of the original software.
  4. Integrity of The Author's Source Code: The license may restrict source-code from being distributed in modified form only if the license allows the distribution of "patch files" with the source code for the purpose of modifying the program at build time. The license must explicitly permit distribution of software built from modified source code. The license may require derived works to carry a different name or version number from the original software.
  5. No Discrimination Against Persons or Groups: The license must not discriminate against any person or group of persons.
  6. No Discrimination Against Fields of Endeavor: The license must not restrict anyone from making use of the program in a specific field of endeavor. For example, it may not restrict the program from being used in a business, or from being used for genetic research.
  7. Distribution of License: The rights attached to the program must apply to all to whom the program is redistributed without the need for execution of an additional license by those parties.
  8. License Must Not Be Specific to a Product: The rights attached to the program must not depend on the program's being part of a particular software distribution. If the program is extracted from that distribution and used or distributed within the terms of the program's license, all parties to whom the program is redistributed should have the same rights as those that are granted in conjunction with the original software distribution.
  9. License Must Not Restrict Other Software: The license must not place restrictions on other software that is distributed along with the licensed software. For example, the license must not insist that all other programs distributed on the same medium must be open-source software.
  10. License Must Be Technology-Neutral: No provision of the license may be predicated on any individual technology or style of interface.

Office

LibreOffice

LibreOffice ist ein open-source Office-Paket, das dem kostenpflichtigen Microsoft Office-Paket das Wasser reichen kann. Das Paket enthält eine Zusammenstellung gebräuchlicher Tools zur Textverarbeitung, Tabellenkalkulation, Präsentation und zum Erstellen von Zeichnungen. Ein Datenbankmanagementsystem und ein Formeleditor sind ebenfalls enthalten.

Hervorzuheben ist für den universitären Gebrauch vor allem der LibreOffice Writer (das Pendant zum Microsoft Office Word). Das Tool kann alles, was Word auch kann, enthält darüber hinaus aber eine übersichtlichere Verwaltung der Formatvorlagen und eine Literaturverwaltung, die auf die eigenen Bedürfnis angepasst werden kann.

ProjectLibre

ProjectLibre ist eine Open-Source Projektmanagement Software. Optisch und funktional ahmt ProjectLibre die MS-Project Software nach. Die Software enthält Funktionen für die Projektverwaltung wie einen Projektplan, Gantt-Diagramme u.v.m. Als Standalone Software läuft ProjectLibre auf Windows, Apple und Linux.
Um das Software auf einen "Ubuntu" - Linux zu installieren, sind ein Paar zusätzliche Schritte notwendig, welche z.B. unter (https://ubuntu-mate.community/t/how-to-install-projectlibre-a-professional-grade-project-management-tool-on-ubuntu-mate/4650) gut beschrieben sind.

Scribus

Zur Erstellung von Flyer, Broschüren oder Zeitschriften kann eine Desktop-Publishing-Software (DTP) wie Adobe InDesign verwendet werden. Eine kostenlose Open Source Alternative ist Scribus. Mit Scribus können Studierende professionelle Druckdaten erstellen, und nebenbei erlernt man, was dazu notwendig ist.

Bereits seit vielen Jahren erfreut sich Scribus als Open-Source-Variante einer steigenden Beliebtheit und daher möchte ich diese Scribus-Anleitung nutzen, um euch das Programm ausführlich vorzustellen. Am Beispiel einer Getränkekarte erstelle ich mit euch professionelle Druckdaten.weil Studenten immer wieder Druckaufträge selbst vorbereiten und an professionelle Druckereien senden müssen. Scribus erlaubt alle Studierenden den Zugang zu einem guten Werkzeug mit welchem sie nicht nur ein korrekt vorbereitete Druckauftrag vorbereiten können, sondern auch dabei lernen können was dazu nötig ist.

Literaturverwaltung

BibDesk

BibDesk ist ein Literaturverwaltungsprogramm für Mac OS X. BibDesk setzt das BibTeX-Format ein und eignet sich daher besonders zum Einsatz in Verbindung mit LaTeX.

JabRef

JabRef ist ein Literaturverwaltungsprogramm, das das BibTeX-Format einsetzt und wird daher idealerweise in Verbindung mit LaTeX eingesetzt. JabRef ist in Java programmiert und u.a. unter Microsoft Windows, Linux und Mac OS X lauffähig.

Zotero

Zotero ist eine freies, quelloffenes Programm zum Sammeln, Verwalten und Zitieren von Literaturangaben. Zotero wurde ursprünglich als Erweiterung für den Webbrowser Mozilla Firefox entwickelt und kann mit entsprechenden Erweiterungen auch weiterhin mit in Verbindung mit Safari oder Google Chrome verwendet werden. In Verbindung mit Microsoft Office Word und dem LibreOffice Writer ermöglicht aber vor allem die Standalone Desktop-Version auf sehr intuitivem und schnellem Wege eine Literaturverwaltung für wissenschaftliche Texte.

Statistik

R

«R» ist im Grunde eine freie Programmiersprache, mit dem man alle denkbaren statistischen Berechnungen und Auswertungen ausführen kann. Als Programmpaket ist «R» auf Linux, Mac und Windows einsetzbar und weil es Teil eines GNU-Projektes ist, kostet es auch nichts. Mit dem Grundpaket ist es möglich die grundlegendsten statistischen Berechnungen auszuführen. Die Stärke von «R» besteht in der offenen und frei zugänglichen Programmiersprache «S». Diese ermöglicht es Zusatzpakete zu programmieren, die auf die eigenen Bedürfnisse zugeschnitten sind und statistische Verfahren genau so rechnen, wie man es auch will. Diese Möglichkeiten haben dazu geführt, dass in der Zwischenzeit für alle denkbaren Rechenverfahren Zusatzpakete existieren.

Multimedia

Audacity

Kostenloses Open Source Werkzeug, welches sich für Aufnahmen und die Audiobearbeitung eignet. Audacity gewinnt keinen Schönheitswettbewerb, besticht aber durch umfangreiche Funktionalitäten, sowie durch die Unterstützung der folgenden Betriebssysteme:  Windows, Mac OS X, GNU/Linux

VLC-Player

VLC ist ein kostenloser Medienplayer, welcher praktisch alle Film- und Musikdateien abspielen kann. Nutzen Sie den VLC-Player z.B., um die aus ILIAS heruntergeladenen Podcasts abzuspielen.

Medizin

Software zur Visualisierung und Verarbeitung von medizinischen Bildern

Die aufgeführten Open Source Softwares dienen nur zur Diagnoseunterstützung in der Lehre und Forschung. Sie dürfen nicht direkt zur Behandlung und Diagnose von Patienten eingesetzt werden.  

Ginkgo CADx

Ginkgo CADx kann eine Reihe an Bildformaten JPEG, PNG, GIF, TIFF sowie PDF Dokumente in DICOM files umwandeln. Die Software verfügt über einen DICOM viewer und Arbeitsumgebung. Betriebssysteme: Windows, Mac OS X, Linux.

ITK-SNAP

Interaktive CC++-basierende Software zur Segmentierung von 3D Strukturen. Die benutzerfreundliche Oberfläche ermöglicht die Navigation in den 3D Bildern sowie die Darstellung und Ausmessung einzelner anatomischer Regionen. Es werden NIfTI und DICOM-Bildformate unterstützt. Die Software wird unter anderem in folgenden Bereichen angewendet: Segmentation der Arteria carotis, Diffusion MRI (dMRI), Pränatale Bildanalyse, Radiotherapie, Kieferorthopädie,  Gehirnmorphometrie. Betriebssysteme: Windows, Mac OS X, Linux.

Slicer

Software-Paket für die Analyse und Visualisierung von Bildern (inkl. 4D). Mit der GUI-Oberfläche können interaktive Segmentationen, Oberflächen und Volumen wiedergegeben werden. Slicer kann für Bildaufnahmen aus MRI, CT, PET und Mikroskopie verwendet werden. Die Website verfügt über ein sehr gutes Wiki mit Beispiel-Datensätzen. Die Version Slicer 4.4 hat nun eine verbesserte App Store um plug-ins in Slicer zuzufügen. Betriebssysteme: Windows, Mac OS X, Linux.

Software zur Unterstützung beim Verfassen von systematic reviews und Masterarbeiten

GATE

Führendes toolkit für das Text Mining, die Extraktion von Informationen (mehrsprachig) und für die Textverarbeitung. Es können verschiedene Dokumentformate und Datenbanken mit GATE benutzt werden (TXT, HTML, XML, Doc, PDF, Java Serial, PostgreSQL, Lucene, Oracle). Betriebssysteme: Windows, Mac OS X, Linux.

GRADEpro

Software um zusammenfassende Tabellen zu generieren, die dem Cochrane-Standard entsprechen. GRADEpro ist online verfügbar für PC und Mac Computer. Zur offline Benutzung kann eine App in Google App  runtergeladen werden.

OpenClinica

Software zum Auffinden und Verwalten klinischer Forschungsdaten, die beim Aufbau der eigenen Studie nützlich sind. Es ist eine web-basierte Software, die über ein Standard-Webbrowser zugänglich ist.

Open Meta.Analyst (OMA)

OMA kann zur Durchführung von Meta-Analysen mit binären, kontinuierlichen oder diagnostischen Daten eingesetzt werden. Das Zusammenführen der Daten erfolgt über  verschiedene „fixed“ und „random-effects“ Methoden (Bayesian, Maximum likelihood analysis). Mit der Software können ebenfalls kumulative, Untergruppen- oder Metaregressions-Analysen durchgeführt werden. Betriebssysteme: Windows (nur 64-bit), Mac OS X.

RevMan

Review Manager (RevMan) wird zur Vorbereitung von qualitativ hochstehenden Cochrane Reviews benutzt. Sobald die Frage formuliert worden ist, kann die Software für das Verfassen des Textes, Tabellenaufbau und Darstellung der Resultate eingesetzt werden. Mit Hilfe der Software können Meta-Analysen und Graphikpräsentationen gemacht werden. Betriebssysteme: Windows, Mac OS X, Linux.

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